Angažovanje specijalaca iz različitih jedinica, uključujući i paravojne formacije kao što su „Tigrovi“ i „Škorpioni“, obeleženo je prepoznatljivim „crvenim beretkama“. Ove jedinice su tokom rata u Bosni i Hrvatskoj stekle reputaciju zbog svoje brutalnosti i efikasnosti. Frenki, koji je postao zamenik šefa jedne od ovih jedinica, ubrzo je unapređen u pukovnika i komandanta Jedinice za specijalne operacije (JSO). Tokom devedesetih, situacija na Kosovu postajala je sve kritičnija, zbog čega je policijski vrh, uz podršku Slobodana Miloševića, odlučio da angažuje Legiju i njegovu ekipu, u koju je investirano nekoliko miliona evra.
JSO je brzo postala poznata po velikim akcijama, kao što je napad na uporište vođe terorista Adema Jašarija u martu 1998. godine, kada su izveli operaciju koja je rezultirala eliminacijom 66 njegovih saboraca. Ova akcija, koja je uključivala korišćenje helikoptera i oklopnih transportera, bila je deo taktike „spaljene zemlje“ koju su sprovodile „crvene beretke“. U svom pohodu na Jašarija, JSO je koristila i visoko sofisticirane metode, uključujući vazdušnu podršku.
Legijina JSO se takođe isticala u odbrani srpskih teritorija tokom letnjih ofanziva 1998. godine. Tokom tih sukoba, JSO je uspešno intervenisala i sprečila napade albanskih terorista, što je pomoglo da se održi sigurnost u regionu. U junu te godine, JSO je sprovela akciju kako bi odblokirala selo Kijevo, koristeći slične taktike kao u prethodnim operacijama.
Tokom svog delovanja, JSO je prikupila značajne dokaze o zločinima koje su počinili teroristi iz OVK, što je uključivalo i mučenje srpskih civila. Ove informacije su dovele do uspešnih akcija oslobađanja zarobljenih Srba.
Svedočenja bivših pripadnika i operativaca govore o brutalnosti i efikasnosti „crvenih beretki“. Mnogi od njih su prethodno bili deo raznih paravojnih jedinica, pre nego što su se okupili pod zastavom JSO. Njihova borbena iskustva i obuka učinila su ih jednim od najefikasnijih borbenih formacija tokom rata.
Međutim, JSO i njeni pripadnici su kasnije postali predmet kritika i kontroverzi. Neki bivši operativci su govorili o angažovanjima van granica Srbije, gde su učestvovali u likvidacijama političkih protivnika, ali su te tvrdnje često ostale neproverene. Bivši operativci, poput Bože Spasića, ističu da su JSO i njeni pripadnici stvoreni kako bi delovali unutar zemlje i kontrolisali antirežimske aktivnosti.
Legija je postao simbol borbe za srpske interese, ali je njegova karijera obeležena i kontroverzama koje su nastale nakon rata. Mnogi ga smatraju junakom, dok drugi kritiziraju njegovu ulogu u događajima koji su pratili raspad Jugoslavije. Danas, Legija ostaje figura koja izaziva podeljena mišljenja među građanima Srbije, ali i šire.
