U dizelskom gorivu se mogu razviti mikroorganizmi poput gljivica, bakterija ili kvasaca, što može uzrokovati stvaranje taloga koji začepiti dovode goriva i filtre, te oštetiti motor. Iako se ovaj problem može pojaviti i u benzinskim motorima sa mešavinom biogoriva, nije čest u automobilskim motorima prema rečima nemačkog autokluba (ADAC). Dizel se obično troši redovno, što smanjuje rizik od razvoja mikroorganizama, ali vozila koja se koriste ređe kao što su kamperi, čamci i poljoprivredna mehanizacija su izložena većem riziku. Preporučuje se pravovremena zamena ili potrošnja biodizela kako bi se sprečio razvoj mikroorganizama. Dugotrajno skladištenje goriva podstiče širenje mikroorganizama, pa se preporučuje da se biodizel potroši ili zameni najkasnije nakon šest meseci. Vlasnici vozila koji punili rezervoare pre zimskog skladištenja trebaju imati na umu da dizelsko gorivo već sadrži određenu količinu vode, a biodizel može sadržati čak do 500 miligrama vode, što može biti povoljno za razmnožavanje bakterija. Ako planirate da vozilo ne koristite duže vreme, preporučuje se potpuno pražnjenje rezervoara kako biste izbegli probleme sa dizelskim štetočinama.
